Un grupo de jóvenes del Barrio Bolívar de Montevideo, cansados de no poder jugar con los equipos del barrio, decidieron fundar su propio club. Se inspiraron en la "Sastrería Boston" y en el amor por el fútbol del Sr. Juan Deri, hincha de River Plate, quien se convirtió en el primer presidente del club. Así nació Boston River.
El club se afilió a la Asociación Uruguaya de Fútbol en 1954 para competir en la Extra "B", logrando ese mismo año el ascenso a la divisional Extra "A". En 1956, se consagró campeón al derrotar al Club Pablo Pérez en un recordado partido en el Estadio Centenario, ascendiendo así a la Primera C (ex Intermedia).
En 1981, el club dejó de participar en los torneos por 18 años. Sin embargo, durante ese tiempo, se mantuvo activo con el fútbol sala. En 1999, un grupo de jóvenes dirigentes decidió resucitar al club, superando los obstáculos de la AUF. Así, Boston River regresó al fútbol tradicional, comenzando desde la Liga Metropolitana Amateur.
En 2006, el club logró su primer ascenso a la Primera B tras ganar la final contra Alto Perú. El equipo, dirigido por Fernando Helo, venció 1-0 con un gol de Claudio Acosta en el Parque Palermo.
Para fortalecer su estructura, en 2009 el club se dividió en dos ramas: una asociación civil y una asociación comercial, BOSTON RIVER SAD. Esta última se encarga de la gestión del fútbol profesional, juveniles y fútbol femenino.
El 3 de junio de 2016, Boston River logró el histórico ascenso a la Primera División del fútbol uruguayo, venciendo a Cerro Largo Fútbol Club 1-0, con un gol de William Klingender. El equipo estaba dirigido por Sergio Cabrera.
El primer partido de Boston River en la Primera División A fue el 30 de agosto de 2016 contra Defensor Sporting Club. El primer gol en la máxima categoría fue marcado por Pablo Ceppelini.
En 2017, Boston River clasificó a la Copa Sudamericana por primera vez, debutando en un partido contra el Club Comerciantes Unidos de Perú. El club ganó 3-1 en el Gran Parque Central y empató 1-1 en Huancayo. Luego, enfrentó a Cerro Porteño de Paraguay, siendo eliminado en la segunda fase. En 2018, el club volvió a clasificar a la Copa Sudamericana, enfrentándose a Jaguares de Montería de Colombia, a quienes derrotó 3-0 en la revancha. En la siguiente fase, jugó contra Banfield de Argentina, ganando 1-0 en Montevideo, pero cayendo 2-0 en Buenos Aires. En 2024, Boston River logró un nuevo hito al clasificarse por primera vez a la Copa Libertadores, ocupando el lugar de Uruguay 3. Pese a la eliminación, el club accedió a la fase de grupos de la Copa Sudamericana 2025. Esta participación marcó un nuevo paso en la consolidación de Boston River a nivel internacional.
Presidente - Mario Doldán
Vicepresidenta - Marta Deri
Secretario - Miguel Olivera
Prosecretario - Sergio Varela
Presidente - Roberto Perdomo
Gte. Gral. - Javier Minniti
Dir. Deportivo - Pablo Álvarez